CIPAV es una Organización No Gubernamental sin ánimo de lucro fundada en 1986 con el nombre de Convenio Interinstitucional para la Producción Agropecuaria del Valle del Cauca, ante la necesidad de generar nuevas alternativas de utilización de la caña de azúcar, que en aquel momento enfrentaba una fuerte crisis de precios. Al comienzo, la organización contó con la asesoría del Dr. Thomas R. Preston y Raúl Botero Botero, y más tarde con la de Enrique Murgueitio Restrepo, quienes tenían a su cargo la orientación de becarios y estudiantes recién egresados de carreras agropecuarias y biológicas para desarrollar proyectos de investigación aplicada y validación de tecnologías en fincas y empresas agroindustriales, junto con agricultores y empresarios. En 1992, se conformó como Fundación Centro para la Investigación en Sistemas Sostenibles de Producción Agropecuaria. Desde su conformación, CIPAV ha trabajado conjuntamente con productores rurales en el desarrollo de sistemas sostenibles de producción agropecuaria en procesos de investigación aplicada y participativa, que surgen de las demandas de conocimiento e innovación de diversos usuarios. Estas demandas de conocimiento y desarrollo son analizadas por los investigadores y el Consejo Directivo, conformado por productores, quienes en forma conjunta planean los temas y enfoques que pueden ser atendidos y los contextos socioeconómicos y agroecológicos en los que se pueden aplicar.