A Koppert está presente no Brasil desde 2011, quando iniciou seus primeiros registros. Em 2012, a Koppert do Brasil adquiriu a empresa Itaforte Bioprodutos, que atuava desde 1996 no segmento de controle biológico de pragas e doenças da agricultura. Em 2013, foi reconhecida pela revista Globo Rural como a segunda melhor empresa do agronegócio brasileiro no ramo de defensivos. No ano seguinte, a empresa adquiriu a Manejo Agrícola, então a maior distribuidora de defensivos biológicos do mercado brasileiro. Em 2017, foi a vez da Koppert comprar a Espigão, empresa de distribuição em Mato Grosso do Sul.No final de 2017, a Koppert adquiriu a Bug Agentes Biológicos, criada em 2001. A Bug teve rápido crescimento e êxito no segmento de controle biológico, e reconhecimento internacional. Em 2012, foi eleita pela revista Fast Company (EUA) como a empresa mais inovadora do Brasil e a 33ª no mundo e ainda foi agraciada pela mídia americana – CNN, Time, Science e Fortune – com o World Technology Award na área de sustentabilidade. Em 2013, se tornou a primeira empresa da América Latina a integrar o seleto grupo Pioneiros da Tecnologia, do Fórum Econômico Mundial. A empresa argentina de inoculantes Nitrasoil foi adquirida em 2019, ampliando o mercado para o Cone Sul; e a Geocom, pioneira em geoprocessamento de imagens e no desenvolvimento de tecnologia exclusiva para aplicação de agentes biológicos via drones no Brasil, em 2020. Assim, a Koppert incorporou a prestação de serviços de ao pacote de soluções oferecido aos produtores. Em 2022, a Geocom passou a ser Natutec, marca global de drones da companhia.A Koppert do Brasil tem duas modernas instalações fabris: a unidade de microbiológicos, localizada na cidade de Piracicaba, e a de macrobiológicos na vizinha Charqueada, ambas no estado de São Paulo.