A Fundação Butantan foi criada em 31 de maio de 1989, através de escritura públicanº 133.326, lavrada no 3º Cartório de Registro Civil de Pessoas Jurídicas de São Paulo – SP. A Fundação Butantan nasceu da necessidade de ser garantida a eficácia dos compromissos com a saúde pública do Instituto Butantan consubstanciados no desenvolvimento e produção de imunobiológicos destinados ao Ministério da Saúde.​Desde a sua criação, a Fundação Butantan vem continuamente aprimorando seus processos internos, para bem cumprir suas atividades de apoio, possuindo procedimentos próprios formalizados e específicos de uma entidade de natureza privada que, no entanto, deve se pautar pela observância dos princípios da legalidade, da economicidade, da impessoalidade, da publicidade, da moralidade e da eficiência.